Covid-19 : Auvergne-Rhône-Alpes, toujours la région la plus touchée
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Covid-19 : Auvergne-Rhône-Alpes, toujours la région la plus touchée

[GRAPHIQUES] Dans l’attente d’éventuels premiers effets des mesures sanitaires, les indicateurs de l’épidémie de Covid-19 continuent de se dégrader en Auvergne-Rhône-Alpes. La dynamique de l’épidémie est presque deux fois supérieure à celle de l’Île-de-France. Toutefois, dans certaines grandes métropoles de la région, elle semble avoir ralenti ces derniers jours. Le nombre de patients Covid-19 hospitalisés en simultané continue d’augmenter fortement dans la région.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 04 novembre. Voir le détail département par département)

Auvergne-Rhône-Alpes est toujours la région française où l’épidémie circule le plus. C’est le cas depuis presque un mois désormais selon les chiffres communiqués par Santé Publique France.

 

Auvergne-Rhône-Alpes, territoire le plus touché depuis quasiment un mois

Du 26 octobre au 1er novembre, le taux d’incidence a l’échelle régionale s’élevait à 866 cas pour 100 000 habitants. La semaine précédente, il s’établissait à 713 cas (+17% sur une semaine). Auvergne-Rhône-Alpes est ainsi la région française où le nombre de cas positifs rapportés à la population est le plus élevé. Et ce, de façon très nette. Le même indicateur affiche par exemple pour la même semaine : 499 cas pour 100 000  habitants en Île-de-France, 503 cas en Provence-Alpes-Côte-d’Azur,  577 cas dans les Hauts-de-France ou encore 506 cas en Bourgogne-Franche-Comté.

A l’échelle départementale, comme les semaines précédentes, la Loire reste le département où la dynamique de l’épidémie est la plus forte. Avec un taux d’incidence de 1178 cas pour 100 000 habitants, elle est le département le plus « touché » de France. Toutefois, l’évolution par rapport à la semaine précédente est relativement stable (1077 cas, +8,5% sur une semaine).

Comme nous le notions ces dernières semaines, la situation en Haute-Savoie s’est nettement dégradée. C’est le département qui a connu la plus forte poussée de l’épidémie entre le 26 octobre et le 1er novembre. Le taux d’incidence dépassait ainsi au 1er novembre les 1000 cas pour 100 000 habitants (1018cas) contre 675 au 25 octobre. Soit une augmentation sur une semaine de +33%.

L’évolution de l’épidémie en Haute-Loire a continué de s’aggraver également. Au 1er novembre, le département présentait un taux d’incidence de 1032 cas pour 100 000 habitants. La semaine précédente il affichait 852 cas, soit une évolution sur une semaine de +17%.

 

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom)  :

Covid-19 : un taux d’incidence toujours en forte hausse en Auvergne-Rhône-Alpes

Selon les données consolidées de Santé Publique France (présentant un décalage dans le temps supérieur à celui des chiffres diffusés plus haut), le taux d’incidence hebdomadaire régional s’élevait à 822 cas pour 100 000 habitants au 27 octobre. Contre 514 au 20 octobre lors de notre dernier point. Soit une progression d’environ 37% sur une semaine. Une progression forte, équivalente à celle constatée les semaines précédentes. Toutefois, si les données plus récentes venaient à se confirmer, elles montreraient alors un léger ralentissement de la dynamique de l’épidémie.

La ventilation de l’indicateur par tranches d’âges montre peu d’évolution par rapport aux semaines précédentes. Durant la semaine du 20 au 27 octobre, l’épidémie a progressé dans chacune d’entre elles, selon cet indicateur. Les enfants en bas-âge restent toujours les moins touchés (mais aussi les moins testés, voir plus loin). Les progressions restent très fortes sur une semaine parmi les 40-49 ans et les 50-59 ans.

 

Covid-19 : le taux d’incidence semble ralentir dans les métropoles de Lyon, Grenoble et Saint-Etienne

Le 14 octobre dernier, le président de la République, Emmanuel Macron, annonçait la mise en place d’un couvre-feu nocturne (21h-6h) en Île-de-France et dans huit autres métropoles françaises. Parmi elles, les métropoles de Lyon, Grenoble et Saint-Etienne. La mesure est entrée en vigueur au 17 octobre. La semaine suivante, la métropole de Clermont-Ferrand était également concernée.

Presque trois semaines après la mise en œuvre de la mesure, peut-on dire que le couvre-feu a eu un effet sur l’évolution de l’épidémie ? Difficile encore de l’affirmer. Toutefois, l’évolution du taux d’incidence dans trois des quatre grandes métropoles de la région Auvergne-Rhône-Alpes a progressé de façon bien moins rapide durant la semaine du 24 au 31 octobre. Cette évolution sur une semaine devra être confirmée dans les jours et semaines à venir. Si elle devait se confirmer, elle pourrait constituer un élément positif. D’autant que quinze jours après la mise en place du couvre-feu, un nouveau confinement, encore souple, est entré en vigueur.

 

Ce ralentissement ne signifie toutefois pas encore une baisse à ce stade. Alors que les semaines précédentes il progressait de 30 à 40% environ dans les métropoles de la région, le taux d’incidence a cru moins vite du 24 au 31 octobre. Il progresse ainsi de 4,5% dans la métropole de Saint-Etienne, de 4% dans la métropole de Lyon. Il a progressé toutefois encore de 16,5% dans la métropole de Grenoble qui présente désormais, selon cet indicateur, une dynamique plus importante que dans celle de Lyon. Le taux d’incidence progresse également de 12% dans celle de Clermont-Ferrand, concernée avec une semaine de décalage pas la mesure de couvre-feu.

Les hospitalisations toujours en hausse hebdomadaire de 30%, très forte augmentation en réanimation

Dans l’attente des effets espérés des mesures sanitaires, certains indicateurs hospitaliers continuent de se dégrader dans les départements d’Auvergne-Rhône-Alpes. Cela risque d’être encore le cas durant quelques semaines, au regard de la situation de la région, territoire le plus touché de France et des temps d’incubation et de développement de la maladie.

Au 4 novembre, 5883 patients Covid-19 étaient hospitalisés en Auvergne-Rhône-Alpes selon les chiffres de Santé Publique France. Le 27 octobre, ils étaient 3951 patients Covid-19 à être hospitalisés en simultané. Soit une augmentation hebdomadaire de 32%, semblable à celle constatée au 27 octobre sur la semaine écoulée.

Le mercredi 4 novembre, 717 personnes se trouvaient en réanimation en Auvergne-Rhône-Alpes. Elles étaient 476 au 27 octobre. Soit une augmentation de 41% sur une semaine. Une forte hausse pour cet indicateur qui jusqu’ici évoluait plus lentement que les hospitalisations.

Désormais, tous les départements d’Auvergne-Rhône-Alpes ont dépassé leur nombre « record » d’hospitalisations en simultané de patients Covid-19 du printemps dernier.

A Lyon, le pic de la « première vague » dépassé dans les HCL

C’est le cas également au sein des Hospices Civils de Lyon (HCL). Au 3 novembre, 729 patients Covid-19 (hospitalisations, réanimation et soins de suite réunis) étaient hospitalisés au sein des hôpitaux lyonnais. Au plus fort de la première vague, les HCL avaient accueilli en simultané 727 patients.

Au 27 octobre, pour rappel, ils étaient 554 patients Covid-19 hospitalisés dans les HCL, dont 107 en réanimation. Soit une augmentation de 24% sur une semaine et de 22% en réanimation (138 contre 104 personnes en réanimation au 27 octobre). Entre le 27 octobre et le 4 novembre, le nombre de lits de réanimation a été porté à 237 (contre 200), établissant le taux d’occupation par des patients Covid-19 à près de 60%.

Un dépistage qui double en un mois

Le dépistage continue d’augmenter dans la région. En un peu moins d’un mois, entre le 6 et le 27 octobre, il a doublé (passant de 113 000 à 233 000 tests PCR semaine).

 

 

 

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal et Colin Revault

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