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Covid-19 : la Haute-Savoie toujours la plus touchée mais l’épidémie ralentit
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Covid-19 : la Haute-Savoie toujours la plus touchée mais l’épidémie ralentit

par Colin Revault.
Publié le 9 décembre 2020.
Imprimé le 17 janvier 2021 à 19:19
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La Haute-Savoie est toujours le territoire le plus touché par l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhone-Alpes. Malgré le recul de l’épidémie, les indicateurs restent à des niveaux encore élevés et le nombre de patients hospitalisés a stagné sur une semaine.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 8 décembre. Voir le détail département par département).

Dans la région, le département le plus touche par la »deuxième vague » de l’épidémie de Covid-19 est la Haute-Savoie. Le pic visiblement derrière nous, la décrue ne change sa situation de territoire où l’épidémie circule le plus. Même si la Haute-Savoie n’est plus le département, pour quelques unités, où l’épidémie circule le plus. Avec un taux d’incidence hebdomadaire de plus de 207 cas pour 100 000 habitants sur une semaine, le chiffre au 1er décembre 2020 est quatre fois supérieur au taux d’alerte (50).

Haute-Savoie : une dynamique moins forte de l’épidémie de Covid-19, des hospitalisations qui stagnent

Toutefois, l’indicateur a continué sa baisse soutenue lors de la dernière semaine de novembre (24 novembre-1er décembre), de l’ordre de -35%. Une évolution plutôt positive alors que la décrue s’est largement ralentie dans d’autres départements d’Auvergne-Rhône-Alpes dans le même temps.

Autre point positif, le taux de positivité poursuit sa baisse dans le département. Avec -7 points au 1er décembre sur une semaine, c’est une des plus fortes baisses dans la région. Il reste toutefois encore très élevé dans les catégories d’âge les plus à risque. Il est même en hausse chez les 60-69 ans.

La baisse du taux d’incidence et de positivité suit également une évolution toujours à la baisse du dépistage. Entre le 25 novembre et le 1er décembre, 8470 tests ont été effectués en Haute-Savoie, soit environ 3000 de moins que la semaine précédente.

Concernant les hospitalisations, leur nombre stagne depuis le début du mois de décembre. Le 8 décembre, 460 personnes étaient hospitalisées dans le département, dont 53 en réanimation. Elles étaient 480 une semaine plus tôt.

Les chiffres de l’épidémie de Covid-19 en Haute-Savoie

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

L'AUTEUR
Colin Revault

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