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Covid-19 : vers une stagnation de l’épidémie dans la région ?
santé  Société 

Covid-19 : vers une stagnation de l’épidémie dans la région ?

par Bertrand Enjalbal et Colin Revault.
Publié le 9 décembre 2020.
Imprimé le 13 avril 2021 à 10:18
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En Auvergne-Rhône-Alpes, l’épidémie de Covid-19 continue sa décrue. Mais l’évolution de certains indicateurs ces derniers jours montre qu’elle est désormais très lente. Les hospitalisations n’ont quasiment pas baissé dans la moitié des départements sur une semaine et le taux d’incidence était reparti à la hausse dans la Métropole de Lyon ces derniers jours.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 8 décembre. Voir le détail département par département).

Va-t-on vers une stagnation de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes ? Difficile de l’affirmer mais l’évolution de certains indicateurs montrent un net ralentissement de la décrue de l’épidémie. Les prochaines semaines diront s’il s’agit d’un simple ralentissement, après une forte baisse, ou d’une réelle stagnation.

Pris dans leur ensemble, les indicateurs indiquent toujours un recul de l’épidémie à l’échelle de la région. Elle reste toujours la plus touchée de France. Le nombre de patients Covid-19 hospitalisés a légèrement reculé (-8%du 2 au 8 décembre) et le taux d’incidence régional (toutes tranches d’âge confondues) a poursuivi sa baisse (-27% du 24 novembre au 1er décembre).

Toutefois, dans certains territoires le reflux est désormais moins fort. Dans la moitié des douze départements de la région le nombre d’hospitalisations en simultané a stagné entre le 2 et le 8 décembre. C’est le cas notamment dans les départements les plus touchés depuis plusieurs semaines comme la Savoie, la Haute-Savoie ou la Haute-Loire. Mais c’est aussi le cas en Isère où la décrue s’est pourtant enclenchée. Dans l’Allier ou la Drôme on constate même une très légère hausse.

Taux d’incidence : une baisse moins soutenue et une hausse dans la Métropole de Lyon

Après les très fortes baisses constatées à partir de mi-novembre, le taux d’incidence n’évolue plus à la même vitesse. Sa dynamique de baisse a chuté de moitié. Il continue donc de baisser mais moins vite (-27%entre le 24 et le 1er décembre contre -50% les semaines précédentes). Simple ralentissement après un cycle de forte hausse puis d’une baisse toute aussi soutenue ou début de stagnation ? Les semaines à venir le diront.

L’indicateur, qui participe à la mesure de la dynamique de l’épidémie, est resté quasiment stable dans la Drôme et a très légèrement baissé dans le Rhône durant la dernière semaine de novembre. Dans la Métropole de Lyon, le taux d’incidence est même reparti à la hausse entre le 28 novembre et le 5 décembre (+10% sur une semaine).

Dans tous les départements de la région, l’indicateur demeure encore au-dessus du seuil d’alerte. Sur la dernière semaine de novembre on a toutefois constaté une baisse du nombre de nouveaux cas dans toutes les tranches d’âge. Les plus fortes baisses ont concerné les départements qui sont encore les plus touchés (Savoie et Haute-Savoie notamment).


Covid-19 : un taux d’incidence qui stagne dans les métropoles d’Auvergne-Rhône-Alpes

Le taux d’incidence augmente sur une semaine dans la Métropole de Lyon et celle de Clermont-Ferrand. Il reste stable dans celle de Saint-Étienne. Il n’y a que dans celle de Grenoble, la plus touchée de la région qu’il continue de baisser.

 

 


Taux de positivité : toujours un fort niveau chez les plus âgés

Du 25 novembre au 2 décembre, le taux de positivité a globalement baissé dans la région (-5 points). Toutefois, on note une stagnation sur une semaine dans l’ensemble des tranches d’âges les plus jeunes. Chez les plus à risque, il continue de stagner chez les plus de 90 ans et a augmenté chez les plus de 80 ans.

 

 

La Haute-Savoie toujours le département le plus touché

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Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

Dépistage toujours en baisse en Auvergne-Rhône-Alpes

Le dépistage, au 1er décembre et sur une semaine, a continué de baisser dans la région. A partir du 8 décembre, Santé Publique France a annoncé comptabiliser également les tests antigéniques (tests nasopharyngés réalisés en pharmacie ou chez un médecin avec résultat quasi immédiat) en plus des tests PCR (réalisés en laboratoire). Ils étaient seuls à entrer dans les statistiques jusque-là pour le calcul du taux d’incidence et de positivité.

 

 

 

 

Covid-19 : toujours une lente décrue dans les hôpitaux d’Auvergne-Rhône-Alpes

 

 

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 09/12/2020 à 11h05
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal et Colin Revault

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