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Covid-19 : Lyon et sa région toujours sur une mauvaise pente
santé  Société 

Covid-19 : Lyon et sa région toujours sur une mauvaise pente

par Bertrand Enjalbal et Colin Revault.
Publié le 3 février 2021.
Imprimé le 11 mai 2021 à 00:11
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[En graphiques] Aucune brusque accélération mais toujours une lente dégradation. À Lyon et en région Auvergne-Rhône-Alpes, les indicateurs de l’épidémie de Covid-19 montrent une évolution toujours négative. Le nombre de cas semble globalement augmenter et, à l’hôpital, la tension sur les services de réanimation se renforce.

Évolution de l’épidémie de Covid à Lyon, dans le Rhône et en Auvergne-Rhône-Alpes

Toujours autant d’hospitalisations dans la région. Toujours autant de patients en réanimation. Et un taux d’incidence qui, à dépistage quasiment constant, continue d’augmenter lentement mais sûrement dans la quasi-totalité des départements d’Auvergne-Rhône-Alpes. Il n’a plus évolué à la baisse depuis plus d’un mois maintenant.

Covid-19 : un niveau de tension toujours fort dans les hôpitaux

Depuis plusieurs semaines, le niveau d’hospitalisation de patients Covid-19 évolue autour de 4000 en Auvergne-Rhône-Alpes. Depuis notre dernier point hebdomadaire en date du 27 janvier, cela n’a pas beaucoup varié. On constatait un léger recul sur une semaine (3800 hospitalisations au 2 février contre 3900 environ une semaine plus tôt).

Ce « plateau » reste toujours haut. Moins fort que les 7000 hospitalisations en simultané enregistrées lors de la deuxième « vague » de novembre 2020 mais bien supérieur aux 2900 hospitalisations, maximum du printemps 2020. Surtout, ce niveau d’hospitalisation, dans une fourchette de 4200 à 3800 en simultané, ne varie plus ou presque depuis Noël dernier.

La lente mais constante progression du taux d’incidence explique certainement en partie le maintien de ce niveau élevé. Malgré tout, la progression de l’épidémie n’est pas corrélée depuis un mois à une aggravation du nombre d’hospitalisations.

C’est surtout dans les services de soins intensifs et de réanimation qu’elle semble se faire sentir. Depuis début janvier, le niveau de tension en Auvergne-Rhône-Alpes s’est intensifié. Il était encore au-dessus des 70% au 2 février (73% : ce chiffre signifiant que 73% de la capacité initiale des services de réanimation concernait des patients Covid-19).

Plus d’infos

Covid-19 : les chiffres par département en Auvergne-Rhône-Alpes

Un nombre mensuel de décès supérieur à la vague du printemps

En Auvergne-Rhône-Alpes, l’évolution du nombre de décès reste malheureusement relativement soutenue. Elle est toutefois moins soutenue que durant la deuxième vague de l’automne 2020 durant laquelle la région avait été particulièrement touchée.

Durant le confinement de l’automne dernier, du 30 octobre au 15 décembre 2020, 3453 décès avec mention Covid-19 avaient été enregistrés, selon les données de Santé Publique France. Dont 2498 décès durant le seul mois de novembre. Le nombre de décès a connu par la suite un ralentissement en décembre 2020 (1394 décès). Un niveau de mortalité qui s’est maintenu en janvier 2021 : 1308 décès ont été enregistrés. 

Pour rappel, lors de la première vague du printemps 2020, 1492 décès avaient été enregistrés pendant la durée du confinement, du 16 mars au 11 mai 2020. Durant avril 2020, mois le plus concerné par les décès, Santé Publique France avait enregistré 982 décès en Auvergne-Rhône-Alpes.

L’évolution mensuelle des décès est donc actuellement supérieure à celle de la première vague de 2020. Ces deux derniers mois en Auvergne-Rhône-Alpes, il y a eu en moyenne près de 30% de plus de décès que durant la totalité du premier confinement de 2020.

Auvergne-Rhône-Alpes, une épidémie qui progresse presque partout

Comme lors de notre précédent point, l’évolution du taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants) est à la hausse dans la région.

Le taux d’incidence régional hebdomadaire au 26 janvier en Auvergne-Rhône-Alpes affichait 228 cas pour 100 000 habitants contre 215 au 19 janvier sur une semaine (+6% sur une semaine environ). Il progresse dans la quasi totalité des départements de la région :

  • Cantal : +43% (sur une semaine au 26 janvier)
  • Drôme : +11 %
  • Ardèche : +10%
  • Isère : +10%
  • Rhône : +4%
  • Puy-de-Dôme : +4%
  • Ain : +11%
  • Allier : +3%
  • Haute-Savoie : +5%

Le niveau du taux d’incidence hebdomadaire était donc au 26 janvier proche de celui du début de la seconde vague épidémique de novembre 2020. Toutefois, son évolution bien qu’à la hausse est plus lente qu’à l’automne.

Cet indicateur reste sensible au volume du dépistage. Ce dernier était stable depuis un mois au 19 janvier. Durant la semaine du 19 au 26 janvier, le dépistage est resté encore proche des 200 000 tests mais a connu une augmentation plus significative que ces dernières semaines (+4% sur une semaine).

L’évolution reste fluctuante dans les métropoles de la région. Après une hausse du taux d’incidence hebdomadaire constaté au 22 janvier, il a évolué à la baisse durant la semaine suivante. Les premiers signes, peut-être, des conséquences du durcissement du couvre-feu. A Lyon, Saint-Étienne, Grenoble et Clermont-Ferrand, le taux d’incidence reste toutefois toujours supérieur au seuil d’alerte.

Covid-19 : taux de positivité inchangé en Auvergne-Rhône-Alpes

Après des hausses légères les semaines précédentes, le taux de positivité général dans la région est resté stable durant la semaine du 19 au 26 janvier (8,4% contre 8,3% la semaine précédente).

Il n’est pas encore revenu « dans le rouge » mais il continue de se dégrader. Notamment dans les tranches de la population les plus âgées (+ de 80 ans et + de 90 ans notamment). Le R effectif (indicateur de reproduction de l’épidémie) a légèrement augmenté du 19 au 26 janvier . Il reste toutefois toujours supérieur à 1, signifiant que l’épidémie continue de progresser.

Une légère hausse du dépistage stable depuis en Auvergne-Rhône-Alpes

Relativement stable depuis quelques semaines, autour des 200 000 tests hebdomadaires, le dépistage a connu une augmentation plus significative durant la semaine du 19 au 26 janvier (+5%).

La Drôme et la Haute-Loire, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Une forte poussée a été constatée dans la Drôme et se poursuit. La Haute-Loire, fortement touchée lors de la deuxième vague connaît de nouveau une dégradation de la dynamique de l’épidémie.

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient :

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 07/04/2021 à 16h19
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal et Colin Revault

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