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Covid-19 : dégradation lente et constante en Auvergne-Rhône-Alpes
santé  Société 

Covid-19 : dégradation lente et constante en Auvergne-Rhône-Alpes

par Bertrand Enjalbal.
Publié le 27 janvier 2021.
Imprimé le 05 décembre 2021 à 06:49
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[En graphiques] En Auvergne-Rhône-Alpes, la lente dégradation de l’épidémie de Covid-19 se poursuit. Les hospitalisations restent à un niveau élevé, les entrées en réanimation ont augmenté. L’épidémie circule à un niveau également élevé dans l’ensemble des départements de la région.

La dégradation constatée depuis au moins une quinzaine de jours se poursuit en Auvergne-Rhône-Alpes. La dynamique de l’épidémie est plus lisible désormais. Elle continue de progresser sans brusque augmentation mais de façon constante.

Auvergne-Rhône-Alpes, une épidémie qui progresse presque partout

La dynamique de l’épidémie dans la région évolue toujours négativement. Depuis notre dernier point hebdomadaire, le taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants) a progressé sur une semaine dans la moitié des départements d’Auvergne-Rhône-Alpes. Il est resté stable dans deux autres et a légèrement décru dans les autres, notamment ceux qui avaient connu de récentes fortes poussées (Allier, Savoie et Haute-Savoie).

  • Drôme : +17% (sur une semaine au 19 janvier)
  • Loire : +16%
  • Ardèche : +10%
  • Rhône : +7%
  • Puy-de-Dôme : +6%
  • Ain : +5%

Le dépistage se maintenant à un niveau équivalent depuis plusieurs semaines (voir plus bas), la lecture de la dynamique de l’épidémie est plus aisée. On constate donc qu’elle progresse lentement, depuis un mois environ, quinze jours de façon plus certaine.

Petit à petit, le taux d’incidence global à l’échelle de la région Auvergne-Rhône-Alpes s’approche de celui enregistré avant les fêtes. Cette soudaine hausse n’était alors pas significative découlant en partie d’un dépistage plus massif. Revenu à un niveau constant, il éclaire toutefois davantage sur le niveau actuel de l’indicateur : toujours très haut et en progression.

La région Auvergne-Rhône-Alpes, se situant à un niveau proche de celui constaté dans le même en France.

La semaine dernière avait été marquée par une légère baisse du taux d’incidence dans les métropoles. Elle ne s’est pas confirmée durant la semaine du 12 au 19 janvier. L’épidémie a progressé dans toutes les grandes métropoles de la région. En particulier celle de Clermont-Ferrand (+38%).

Covid-19 : taux de positivité toujours en hausse en Auvergne-Rhône-Alpes

Pour la quatrième semaine consécutive le taux de positivité augmente dans la région (à niveau de dépistage stabilisé). Pour cet indicateur aussi la dégradation est lente (+0,4 points du 12 au 19 janvier) mais constante.

Il n’est pas encore revenu “dans le rouge” mais il continue de se dégrader. Notamment dans les tranches d’âge les plus âgées (+80 ans et + 90 ans notamment). Le R effectif (indicateur de reproduction de l’épidémie) a diminué sur une semaine, entre le 12 et le 19 janvier. Il reste toutefois toujours supérieur à signifiant que l’épidémie continue de progresser.

Covid-19 : toujours autant d’hospitalisations mais plus de patients en réanimation

Face à une dynamique de l’épidémie qui ne faiblit pas, logiquement la tension à l’hôpital connaît la même évolution. Malgré quelques légères variations, le niveau de personnes hospitalisées dans la région pour des cas de Covid-19 reste stabilisé autour de 4000. Il était de 3900 au 26 janvier, sensiblement égal à celui constaté lors de notre dernier point hebdomadaire.

Les récentes évolutions du taux d’incidence dans la région ne devrait pas vraiment changer la donne. L’épidémie progressant lentement, parfois en léger recul dans certains départements, le niveau d’hospitalisations actuel devrait se maintenir encore dans les jours à venir.

Ce plateau toujours haut maintient une tension importante sur les services de réanimation. C’est un des points négatifs de l’évolution actuelle de l’épidémie dans la région. Si le niveau d’hospitalisation en simultané se maintient depuis un mois environ, celui des admissions en réanimation pour cas de Covid-19, augmente globalement et lentement depuis le 10 janvier environ.

A cette date, 371 patients se trouvaient dans des services de réanimation ou de soins intensifs dans les hôpitaux de la région. Au 26 janvier ils étaient 430 (+15%), selon les chiffres de Santé Publique France. Le taux d’occupation en réanimation se dégrade forcément en conséquence. Au 26 janvier il était de près de 77%. L’indicateur se trouve dans le rouge dans la région depuis le 20 octobre.

Un dépistage stable depuis un mois autour de 200 000 tests par semaine

Depuis le pic en amont des fêtes de fin d’année, le niveau de dépistage se maintient depuis près d’un mois à un niveau hebdomadaire relativement haut (au regard des statistiques en la matière) et stable, autour des 200 000 tests (PCR et antigéniques) par semaine. Un niveau proche de celui rencontré lors de la deuxième vague épidémique d’octobre-novembre 2020.

La Drôme et la Haute-Loire, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

La situation continue s’améliorer doucement dans l’Allier, fortement touché ces dernières semaines. Tout comme en Savoie et Haute-Savoie. Une forte poussée a été constatée dans la Drôme et se poursuit. La Haute-Loire, fortement touchée lors de la deuxième vague connaît de nouveau une dégradation de la dynamique de l’épidémie.

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 07/04/2021 à 16h17
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal
Bertrand Enjalbal
Journaliste à Rue89Lyon

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