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Covid-19 : l’heure des variants dans le Rhône ?
Actualité  santé 

Covid-19 : l’heure des variants dans le Rhône ?

par Bertrand Enjalbal et Colin Revault.
Publié le 11 mars 2021.
Imprimé le 16 avril 2021 à 22:08
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Dans le Rhône, le variant anglais est désormais largement majoritaire. Le département est un des rares de la région où les hospitalisations continuent d’augmenter comme les admissions en réanimation pour des cas de Covid-19.

Évolution de l’épidémie de Covid à Lyon, dans le Rhône et en Auvergne-Rhône-Alpes

La situation à Lyon et dans le Rhône semble ambivalente. Commençons par une certitude : l’épidémie de Covid-19 continue de circuler activement dans le département. Au 5 mars 2021, le taux d’incidence indiquait 231 cas positifs pour 100 000 habitants dans le Rhône (soit près de 5 fois plus que le seuil d’alerte). Le département comme la métropole de Lyon se situent toutefois en-deça de la moyenne nationale.

L’épidémie progresse-t-elle ces derniers jours ? Pas forcément. Malgré un dépistage toujours en progression, le taux d’incidence est resté stable depuis une semaine. Le taux de positivé, lui, est en léger recul.

Dans le Rhône, le variant anglais représente au moins 65% des cas

Et pourtant les variants du virus, notamment celui dit anglais, sont là. Le variant anglais est désormais largement majoritaire dans le Rhône comme dans la région Auvergne-Rhône-Alpes. Décrit comme plus contagieux que la souche originelle, voire plus létal, il continue de progresser depuis le début de l’année.

Depuis lundi 8 mars, nous disposons des données quotidiennes sur les variants.

Que montrent ces données ? Comme l’indiquait Santé Publique France, depuis le début de l’année les variants, et surtout la souche anglaise, sont progressivement devenus majoritaires dans les départements de la région.

Au 7 mars, le variant anglais est ainsi majoritaire dans les échantillons étudiés dans 11 des 12 départements d’Auvergne-Rhône-Alpes. Seule la Haute-Loire comptait à ce jour plus de cas issus de la souche majoritaire jusqu’ici (l’écart tendant à se réduire toutefois).

Dans le Rhône, le variant anglais représentait au 7 mars sur une semaine au moins 65% des tests PCR positifs testés. La souche « traditionnelle » représentant moins de 20% des cas positifs.

La variant anglais à l’origine de la hausse des hospitalisations dans le Rhône ?

Selon les chiffres de Santé Publique France, le variant anglais aurait pris le dessus sur la souche classique dans le Rhône à partir de mi-février (les données démarrant au 18 février 2021). Ce variant, décrit comme plus contagieux, a-t-il eu des conséquences ?

Une semaine après, à partir du 25 février, les hospitalisations ont commencé à repartir à la hausse dans le département. Les admissions en réanimation pour des cas de Covid-19 augmentant elles depuis globalement depuis mi-janvier.

On serait alors tenté d’y voir une corrélation. Et une explication à la situation de plateau, en place depuis plusieurs semaines. A mesure que le variant anglais prenait le dessus, la souche classique était en perte de vitesse. L’augmentation des cas générés par le premier étant globalement compensée par la diminution de ceux imputés à la seconde. Les courbes se croisaient.

Une corrélation qui pourrait expliquer pourquoi dans le Rhône, alors que l’épidémie ne connaissait pas de rebond brutal, la tension hospitalière continuait malgré tout de rester élevée pour se dégrader encore ces derniers jours.

Une aggravation de l’épidémie à venir dans le Rhône ?

Est-ce à dire alors que le pire est à venir à Lyon et dans le Rhône ? D’autres départements de la région montrent que ce n’est pas forcément une évidence.

Dans le Cantal, par exemple, le variant anglais est quasi hégémonique, représentant au 7 mars 80% des cas positifs testés. Les hospitalisations continuent toutefois de diminuer. Les réanimations y sont faibles même si elles sont en augmentation depuis la fin février. Même évolution ou presque en Savoie et Haute-Savoie, deux autres départements où le variant anglais représente entre 65% et 70% des cas.

Est-ce là les premiers effets de la vaccination ? Le Cantal est un des départements de la région où la couverture vaccinale était la plus forte fin février, notamment pour les personnes les plus âgées. Même si elle reste encore faible, elle était à cette date deux fois supérieure à celle du Rhône par exemple.

Évolution stable en Auvergne-Rhône-Alpes

À l’échelle d’Auvergne-Rhône-Alpes, la situation de l’épidémie semble rester stable. Toujours dans cette tendance ambivalente : taux d’incidence stable, taux de positivé en baisse (avec un dépistage en hausse) et baisse des hospitalisations qui laisseraient penser que l’épidémie décline.

Dans le même temps, les admissions en réanimation ne faiblissent pas ni la pression sur ces services hospitaliers et le taux de reproduction du virus (R0) est repassé au-dessus de 1.

Rhône, Drôme et Isère, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient :

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 14/04/2021 à 10h58
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal et Colin Revault

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