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Covid-19 : dégradation à Lyon et dans le Rhône
Actualité  santé 

Covid-19 : dégradation à Lyon et dans le Rhône

par Bertrand Enjalbal et Colin Revault.
Publié le 3 mars 2021.
Imprimé le 28 novembre 2021 à 15:13
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À Lyon et dans le Rhône, l’évolution hebdomadaire de l’épidémie de Covid-19 n’est pas vraiment positive. Le taux d’incidence est toujours en hausse et les hospitalisations aussi, suivant logiquement la tendance de ces dernières semaines. Dans le reste de la région Auvergne-Rhône-Alpes, la dynamique de l’épidémie à la baisse jusqu’ici repart à la hausse.

Évolution de l’épidémie de Covid à Lyon, dans le Rhône et en Auvergne-Rhône-Alpes

Placé en alerte renforcée la semaine passée, Lyon et le Rhône sont concernés par un possible confinement le week-end. Depuis l’annonce, l’évolution épidémique n’a pas connu de forte aggravation mais n’a pas pour autant évolué favorablement.

Un taux d’incidence toujours en hausse dans le Rhône

Depuis un peu plus de 15 jours maintenant, le taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants) est en hausse dans le Rhône. Au 26 février, il était de 235 cas sur une semaine. Il était de 221 cas une semaine plus tôt. Une hausse de 5% environ.

La hausse observée depuis plusieurs jours est pour l’instant continue mais à une vitesse relativement modérée. En quinze jours, le taux d’incidence dans le Rhône a toutefois progressé de près de 16%. Et il se situe toujours à un niveau quatre fois supérieur au seuil d’alerte (50 cas pour 100 000 habitants).

Est-ce suffisant pour dire que l’épidémie progresse ? On sait cet indicateur, comme le taux de positivité, sensible à l’évolution en parallèle du dépistage. Depuis une semaine environ, le dépistage est reparti à la hausse dans le Rhône (+10% ces derniers jours) comme dans le reste de la région. Assez logiquement, le taux d’incidence suit cette évolution. Toutefois, il était déjà en augmentation alors que le dépistage continuait de diminuer à la mi-février. Signe accréditant plutôt l’idée d’une épidémie en progression.

L’épidémie semble donc poursuivre sa dynamique. Difficile de dire si elle s’est renforcée pour l’heure. Elle ne semble toutefois pas avoir fléchi. Dans le même temps, le taux de positivité demeure en-deça des 10%. S’il a augmenté lui aussi durant la dernière quinzaine de février, il semble avoir fléchi quand le dépistage est reparti à la hausse.

Une forte progression chez les enfants en bas-âge ?

La semaine dernière déjà nous évoquions la progression du taux d’incidence chez les 0-9 ans. Une augmentation démarré le 13 février, au milieu des vacances d’hiver, malgré un dépistage en baisse. Et qui se poursuit toujours.

Au 27 février, le taux d’incidence dans le Rhône pour cette tranche d’âge s’élevait à 109 cas pour 100 000 habitants (deux fois au-dessus du niveau d’alerte). Au 11 février, il n’était que de 65 cas pour 100 000 habitants. Une augmentation de 65% environ en un peu plus de quinze jours.

Les vacances n’ont pas cassé la dynamique de l’épidémie dans cette tranche d’âge. La reprise des cours a correspondu avec un dépistage en augmentation, accélérant celle du taux d’incidence de cette tranche d’âge. Le signe peut-être d’une circulation forte des variants du virus Sars-Cov-2, souvent décrits comme plus contagieux et auxquels les plus jeunes seraient plus permissifs.

Dans le Rhône, des hospitalisations logiquement en hausse

Dans le Rhône, le taux d’incidence global est en progression constante depuis le 16 février dernier. Une situation qui se traduit une dizaine de jours plus tard dans les hôpitaux.

On observe donc assez logiquement une hausse des hospitalisations dans le département depuis quelques jours. Selon les données de Santé Publique France, les hospitalisations en simultané sont en augmentation depuis le 25 février.

Auvergne-Rhône-Alpes, une légère reprise de la dynamique épidémique ?

Depuis un mois environ nous assistions à ce qui ressemblait à une lente baisse de la dynamique de l’épidémie. Une baisse relative. D’une part, le dépistage diminuait dans le même temps. D’autre part, pendant ce temps, les variants du virus Sars-Cov-2 prenaient le dessus sur les souches originelles. Comme si leurs courbes, l’une à la baisse (souches originelles) l’autre à la hausse (variants) allaient petit à petit se croiser.

Cette évolution à la baisse s’est arrêtée. Au moins temporairement. Depuis le 18 février dernier, le taux d’incidence global en Auvergne-Rhône-Alpes évolue à la hausse. Une hausse démarrée alors que le dépistage continuer de ralentir dans le même temps. Depuis quelques jours, il est lui aussi en augmentation.

Dans les métropoles de la région, la hausse du taux d’incidence observé la semaine dernière se poursuit. Elles sont toutes, chose plutôt rare, légèrement en-deça du taux d’incidence moyen en France. Des niveaux toutefois supérieurs de 3 à 4 fois au seuil d’alerte.

Covid-19 : moins d’hospitalisations mais plus de réanimation

L’évolution constatée ces dernières semaines s’est poursuivie. A l’échelle régionale, les hospitalisations en simultané continuent de diminuer lentement. En revanche, la part des hospitalisations dans les services de réanimation ne suit pas la même trajectoire. Elles sont en légère augmentation. Une augmentation continue en moyenne depuis presque un mois.

Le niveau de pression sur les services de réanimation reste donc plutôt élevé. Et en légère augmentation. Stabilisé autour de 75% (de patients Covid dans les services de réanimation par rapport aux capacités initiales), il a atteint 80% en ce début de semaine. Un niveau qu’il n’avait plus connu depuis Noël 2020.

Des variants presque majoritaires en Auvergne-Rhône-Alpes

Au 25 février, Santé Publique France indiquait que les variants du Sars-Cov-2 étaient désormais quasi majoritaires en Auvergne-Rhône-Alpes. Le « variant anglais » représentait 43% des tests positifs dans les échantillons étudiés, ceux sud-africain et brésilien représentaient chacun 3%.

Au 19 février, l’organisme de veille sanitaire notait que cette proportion avait plus que doublé dans la région : 29,2% des cas confirmés concernaient le « variant anglais » (contre 37% en moyenne en France), 2,7% le « variant sud-africain » et 5% le « variant brésilien ».

Rhône, Drôme et Ain, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient :

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 14/04/2021 à 10h58
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal et Colin Revault

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