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Covid-19 : à Lyon et sa région une évolution toujours stable
santé  Société 

Covid-19 : à Lyon et sa région une évolution toujours stable

par Bertrand Enjalbal.
Publié le 17 février 2021.
Imprimé le 02 mars 2021 à 04:48
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[En graphiques] Après les fêtes et avec l’arrivée des variants à Lyon et en Auvergne-Rhône-Alpes, la dégradation de l’évolution de l’épidémie de Covid-19 semblait acquise. Pour l’heure, l’épidémie continue d’évoluer mollement dans la région. Si sa dynamique semble même ralentir, les hôpitaux ne voient toujours pas de forte décrue s’opérer.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 17 février. Voir le détail en Auvergne-Rhône-Alpes département par département).

On serait presque surpris de voir la tendance positive de certains indicateurs. Depuis plusieurs semaines, les niveaux parfois élevés de certains faisaient craindre le pire, en cas d’explosion épidémique. Cette dernière, fort heureusement, n’est pour l’heure pas arrivée. Mieux, la dynamique de l’épidémie dans la région semble stable voire en légère baisse.

Covid-19 : à l’hôpital, l’évolution en « plateau » continue

C’est l’étalon des mesures sanitaires : l’ « encombrement » des hôpitaux et des services de réanimation par des patients Covid-19.

Le niveau d’hospitalisations simultanées de patients Covid-19 continue sa lente diminution. Au 16 février, il y a eu sur une semaine glissante 3600 patients Covid dans les hôpitaux d’Auvergne-Rhône-Alpes. Elles s’élevaient à 3700 lors de notre dernier point il y a une semaine.

À court terme, l’évolution reste positive puisque toujours légèrement baissière. Toutefois, en prenant davantage de recul, elle ne doit pas faire oublier que les hospitalisations se situent à niveau toujours élevé. Au 16 février, on se situait ainsi au même niveau qu’au 29 octobre 2020, veille de la mise en place du deuxième confinement.

L’évolution des hospitalisations était à l’époque incomparable avec celle d’aujourd’hui (+300 patients hospitalisés en simultané par semaine environ). Mais cela montre le niveau actuel des hospitalisations en cours.

Une évolution stable en réanimation

Ainsi, le niveau de tension sur les services de réanimation des hôpitaux de la région reste stable. Et toujours relativement élevé. Il oscille dans la région entre 70 et 75% d’occupation des capacités initiales des services de réanimation par des patients Covid-19.

Au 16 février, les hôpitaux de Lyon (HCL) indiquaient un taux d’occupation de leurs lits de réanimation par des patients Covid-19 de 45% environ. Pour un taux d’occupation global de plus de 90%. Une situation qui s’améliore. Toutefois, les HCL déploient toujours pour l’heure environ 30% de lits de réanimation supplémentaires par rapport à leur capacité habituelle (180 contre 139 habituellement).

Auvergne-Rhône-Alpes, une épidémie qui semble diminuer

Nombre de cas, taux d’incidence, taux de positivité… Ces indicateurs participent à l’évaluation de la dynamique de l’épidémie. Les spécialistes le répètent, ils ont notamment un défaut: ils son sensibles au niveau de dépistage.

Un élément que nous répétons souvent ici et que nous avons tenté de toujours garder en tête lors de nos points hebdomadaires. Cette relation, nous l’avions notamment répété au moment des fêtes de fin d’année qui avaient entraîné une explosion du dépistage. Et rendu par la même occasion la lecture de l’évolution de l’épidémie presque impossible.

Depuis, le dépistage s’est plutôt stabilisé. Des variations existent mais sont moins fortes. Depuis un mois, l’évolution du taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants) et du niveau de dépistage semble plutôt inverse. A partir de mi-janvier, le dépistage a légèrement diminué alors que le taux d’incidence repartait à la hausse. Il a depuis entamé une baisse lente et régulièrement alors que la dépistage repartait à la hausse de la fin du mois de janvier jusqu’au 7 février.

Même chose pour l’évolution du taux de positivité (proportion des cas positifs dans l’ensemble du dépistage).

Une évolution en trompe-l’oeil ?

De quoi laisser penser que la dynamique de l’épidémie, malgré les menaces actuelles des variants, semble être légèrement à la baisse. D’autant que le taux de reproduction du virus est repassé sous la barre des 1, indiquant normalement un recul de l’épidémie.

Là aussi, il ne faut pas perdre de vue le niveau qui se cache derrière l’évolution récente. Avec 183 cas pour 100 000 habitants au 13 février sur une semaine glissante, le taux d’incidence global dans la région reste près de 4 fois supérieur au-dessus du seuil d’alerte (50 cas pour 100 000 habitants). Y compris parmi les catégories d’âge les plus à risque : 148 cas pour 100 000 chez les 60-69 ans, 142 cas pour 100 000 chez les 70-79 ans, 199 cas pour 100 000 chez les 80-89 ans et 387 cas pour 100 000 chez les plus de 90 ans.

De plus, depuis le 6 février l’ensemble de la région est concernée par les vacances scolaires de la zone A. Moins de contaminations à venir, pour les plus jeunes. Mais aussi moins de dépistage de façon générale. Depuis le 8 février, le dépistage baisse dans la région. Faisant chuter avec lui, le taux d’incidence.

Dans le même temps, la progression des variants du virus Sars-CoV-2 se poursuit. De quoi inviter alors à la prudence quant à la lecture de l’évolution de l’épidémie et son éventuelle amélioration. 

Lors de la deuxième vague épidémique au mois de novembre 2020, la région avait également connu une situation de « plateau ». La lente dégradation depuis la fin de l’été semblait s’être stabilisée avant de finalement exploser rapidement.

Ain et Ardèche, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomez ou recherchez la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions. Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient :

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 19/02/2021 à 14h50
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal
Bertrand Enjalbal
Journaliste à Rue89Lyon

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