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Covid-19 : Auvergne-Rhône-Alpes sur un «plateau» toujours haut
santé  Société 

Covid-19 : Auvergne-Rhône-Alpes sur un «plateau» toujours haut

par Bertrand Enjalbal.
Publié le 20 janvier 2021.
Imprimé le 10 mai 2021 à 23:24
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[En graphiques] En Auvergne-Rhône-Alpes, l’évolution de l’épidémie de Covid-19 reste préoccupante. Les fêtes n’ont pas créé de flambée épidémique mais tous les indicateurs de suivi se maintiennent à un niveau très élevé.

Évolution de l’épidémie de Covid à Lyon, dans le Rhône et en Auvergne-Rhône-Alpes

Le virus circule toujours activement en Auvergne-Rhône-Alpes. Après la forte hausse du dépistage brouillant la lecture des chiffres, les indicateurs de suivi de l’épidémie de Covid-19 montrent désormais clairement que la région se situe toujours sur un plateau haut.

Auvergne-Rhône-Alpes, un nombre de cas toujours en hausse

Le taux d’incidence hebdomadaire au 12 janvier en Auvergne-Rhône-Alpes montrait toujours une tendance haussière : 207 cas pour 100 000 habitants contre 188 au 5 janvier 2021. On sait cet indicateur très sensible au niveau de dépistage or durant les deux premières semaines de janvier le nombre de tests effectués dans la région a relativement peu varié : 196 000 tests hebdomadaires au 29 décembre 2020, 203 000 au 5 janvier 2021 et 211 000 au 12 janvier.

La dynamique de l’épidémie semble donc bien progresser dans la région durant ce mois de janvier. Sans pic épidémique à la sortie des fêtes mais elle se maintient à un niveau élevé. Pour rappel, le seuil d’alerte est fixé à 50 cas pour 100 000 habitants. Celui d’alerte renforcée est fixé à 150 cas pour 100 000 habitants tous âges confondus et supérieur à 50 cas pour les tranches d’âge les plus âgées.

Pour ces dernières, au 12 janvier, le taux d’incidence hebdomadaire en Auvergne-Rhône-Alpes s’établissait ainsi :

  • 60-69 ans : 176 cas pour 100 000 habitants
  • 70-79 ans : 183 cas
  • 80-89 ans : 264 cas
  • Plus de 90 ans : 546 cas

Au 12 janvier, le taux d’incidence s’approchait donc du niveau d’avant les fêtes de fin d’année (240 cas pour 100 000 habitants au 22 décembre) alors que le dépistage a été depuis divisé par trois.

Seul point positif, le taux d’incidence hebdomadaire dans les grandes métropoles d’Auvergne-Rhône-Alpes s’est stabilisé durant la semaine du 5 au 12 janvier. Il a avait connu dans certaines d’entre elles une forte poussée la semaine précédente.

Covid-19 : un taux de positivité en légère hausse et un R supérieur à 1

Autre signe d’une dynamique toujours forte de l’épidémie : l’évolution du taux de positivité et de l’indicateur R (facteur de reproduction du virus).

Le taux de positivité (part des tests positifs dans l’ensemble du dépistage) était en légère hausse au 12 janvier sur une semaine (7,9% contre 7,5% au 5 janvier). Et l’indicateur R est repassé au-dessus de 1 (1,16 au 12 janvier) signifiant que dans la région un porteur du virus contaminait en moyenne plus d’une personne. Il était en-dessous de 1 depuis le 10 novembre, exception faire de la période d’avant les fêtes où le fort dépistage a brouillé les statistiques.

L’évolution à la baisse parmi les tranches d’âge les plus âgées constatée sur une semaine la semaine dernière ne s’est pas confirmée. Chez les plus de 60 ans, l’indicateur reste relativement stable connaissant une légère hausse de 0,5 à 0,8 point.

Plus d’infos

Covid-19 : les chiffres par département en Auvergne-Rhône-Alpes

Covid-19 : hausse récente du nombre de patients à l’hôpital en Auvergne-Rhône-Alpes

Du 20 décembre 2020 au 6 janvier 2021, le nombre de patients Covid-19 hospitalisés en simultané dans les établissements de la région était resté stable. Une très légère baisse est intervenue par la suite jusqu’à ces derniers jours.

Depuis le 15 janvier on constate une augmentation du nombre d’entrées à l’hôpital. Un « solde » de 100 patients supplémentaires entre le 15 et le 19 janvier ressort des statistiques de Santé Publique France. Conséquence en partie de la hausse du taux d’incidence constatée ces deux dernières semaines.

Malgré ces petites variations, le niveau des hospitalisations demeure proche des 4000 hospitalisations en simultané. Un plateau toujours haut donc. Les entrées en réanimation sont aussi reparties à la hausse ces tous derniers jours. Le niveau de tension sur ces services a logiquement suivi à la hausse lui aussi, remontant à près de 74%.

Un dépistage relativement stable depuis trois semaines

Depuis le pic en amont des fêtes de fin d’année, le niveau de dépistage se maintient depuis près d’un mois à un niveau hebdomadaire relativement haut (au regard des statistiques en la matière) et stable, autour des 200 000 tests (PCR et antigéniques) par semaine. Un niveau proche de celui rencontré lors de la deuxième vague épidémique d’octobre-novembre 2020.

La Drôme et le Rhône, les départements où l’épidémie circule le plus ces derniers jours

La situation semble s’améliorer doucement dans l’Allier, fortement touché ces dernières semaines. Une forte poussée a été constatée dans la Drôme.

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 07/04/2021 à 16h03
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal
Bertrand Enjalbal
Journaliste à Rue89Lyon

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