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Covid-19 : en Auvergne-Rhône-Alpes, les contaminations repartent à la hausse
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Covid-19 : en Auvergne-Rhône-Alpes, les contaminations repartent à la hausse

par Bertrand Enjalbal et Colin Revault.
Publié le 13 janvier 2021.
Imprimé le 16 janvier 2021 à 01:13
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[En graphiques] Une dizaine de jours après les fêtes de fin d’année, pas d’amélioration des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes. Le fort rebond redouté après cette période ne semble pour l’heure pas se produire. La tension hospitalière reste toujours forte et les contaminations semblent repartir à la hausse.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 13 janvier. Voir le détail en Auvergne-Rhône-Alpes département par département).

Le rattrapage après la forte hausse du dépistage avant les fêtes semble doucement s’opérer dans la lecture des indicateurs régionaux de l’épidémie de Covid-19.

Un taux d’incidence revenu à la situation d’avant les fêtes et en hausse

Le taux d’incidence dans la région est reparti à la hausse. Au 5 janvier, il s’établissait sur une semaine à 188 cas pour 100 000 habitants, selon les données de l’organisme Santé Publique France. Il était de 156 une semaine plus tôt, une semaine située entre Noël et le jour de l’An moins et propice au dépistage.

Toutefois, en isolant cette parenthèse des fêtes (hausse brutale du dépistage en amont), on observe un taux d’incidence sensiblement équivalent à son niveau enregistré au 15 décembre sur une semaine (177 cas environ pour 100 000 habitants). Durant cette semaine-là, du 9 au 15 décembre, le dépistage avait été en outre sensiblement équivalent : 190 000 tests environ contre 200 000 tests du 29 décembre au 5 janvier).

De fortes hausse du nombre de cas dans les métropoles d’Auvergne-Rhône-Alpes

Pour l’heure, à moins d’un fort rebond à venir dans les jours à venir, les fêtes n’ont semble-t-il pas créer cette forte aggravation redoutée. Toutefois, en Auvergne-Rhône-Alpes, l’épidémie continue de circuler fortement et semble bien être sur une dynamique de hausse, même relativement modérée pour l’heure.

Les données de ces tout derniers jours (du 5 au 9 janvier) semblent confirmer cette aggravation. Notamment dans les métropoles de la région. Entre le 1er et le 8 janvier 2021, le taux d’incidence a augmenté d’environ 50 % dans la Métropole de Saint-Étienne, de 35% dans la Métropole de Lyon ou encore de près de 20 % dans l’agglomération de Grenoble.

Covid-19 : un taux de positivité équivalent à celui d’avant les fêtes en Auvergne-Rhône-Alpes

Autre facteur inquiétant, l’évolution du taux de positivité. Au 5 janvier, il s’élevait (sur une semaine) à 7,5 % de tests positifs environ dans la région. Une augmentation d’un point par rapport à la semaine précédente qui avait connu un niveau de dépistage quasiment équivalent. Le taux de positivité de la région n’est donc plus dans le vert.

Cette hausse hebdomadaire est moins forte que celle constatée lors de la dernière semaine de décembre (+ 3 points). Toutefois, cette hausse marquait un rattrapage de la forte chute entraînée en partie par le fort volume du dépistage enregistré avant les fêtes de fin d’année.

Comme pour le taux d’incidence, le taux de positivité était en légère hausse au 5 janvier par rapport à son niveau constaté au 15 décembre (6 % environ) avant le pic de dépistage. Ici aussi, pas de très forte dégradation constatée pour l’heure mais une tendance qui semble à la hausse.

Un point positif qui méritera d’être confirmé dans les jours à venir : durant la semaine du 30 décembre au 5 janvier, le taux de positivité était en baisse dans toutes les catégories d’âge les plus à risque. La hausse globale de l’indicateur à l’échelle régionale se constate donc chez les plus jeunes.

Patients Covid-19 à l’hôpital : tension toujours forte en Auvergne-Rhône-Alpes

Dans les hôpitaux de la région, c’est une forme de plateau élevé que l’on constate depuis quelques semaines. Le « volume » de patients Covid-19 hospitalisés en simultané, selon les chiffres de Santé Publique France, se situant toujours aux alentours de 4000.

Dans les services de réanimation, après une légère décrue constatée lors des dernier jours de 2020, le nombre de patients reste stable depuis une quinzaine de jours. Ainsi, le niveau de tension dans ces services se maintient aux alentours de 68 % (ce chiffre représente le taux d’occupation des services de réanimation par des patients Covid-19 par rapport à leur capacité d’accueil initiale, avant montée en charge). Toujours dans le rouge.

Une conséquence peut-être de l’évolution récente du taux de positivité chez les plus âgés évoquée plus haut, le nombre de personnes de plus de 90 ans a sensiblement chuté ces derniers jours (-15 % du 5 au 12 janvier).

Un dépistage revenu à son niveau d’avant les fêtes

Après le pic à près de 600 000 tests hebdomadaires enregistré avant les fêtes, retour à la « normale » pour le dépistage. Entre le 30 décembre et le 5 janvier, un peu plus de 200 000 tests ont été effectués en Auvergne-Rhône-Alpes. Un niveau équivalent à celui enregistré la semaine du 8 au 15 décembre 2020.

L’ampleur du dépistage est toutefois plus forte en considérant que cette semaine-là comportait un jour férié durant lequel très peu de tests ont été effectués.

L’Allier et la Haute-Savoie, départements où l’épidémie est la plus active

La partie Rhône-Alpes de la grande région reste toujours plus touchée que l’ancienne Auvergne. L’Allier reste toutefois le département où l’épidémie circule le plus comme la semaine précédente.

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal et Colin Revault

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