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Covid-19 : en Auvergne-Rhône-Alpes, quel « effet fêtes » sur l’épidémie ?
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Covid-19 : en Auvergne-Rhône-Alpes, quel « effet fêtes » sur l’épidémie ?

par Bertrand Enjalbal.
Publié le 6 janvier 2021.
Imprimé le 21 avril 2021 à 19:40
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[En graphiques] La lecture de l’évolution de certains indicateurs de l’épidémie de Covid-19 est encore fragile. En Auvergne-Rhône-Alpes, après un regain de l’épidémie à l’approche des fêtes, en partie artificiel, les premiers jours de janvier semblent montrer de possibles effets négatifs de la période des fêtes.

Évolution de l’épidémie de Covid à Lyon, dans le Rhône et en Auvergne-Rhône-Alpes

La fin de semaine en dira certainement plus sur le « bilan » des fêtes sur l’évolution de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes. Nous sommes aujourd’hui un peu plus de 10 jours après Noël, un recul qui permet de percevoir des premiers signes. Reste encore à évaluer un possible effet du réveillon du 31 décembre, intervenu lui il y a moins d’une semaine.

Comment lire les indicateurs au regard d’un dépistage divisé par trois d’une semaine à l’autre ?

La lecture des indicateurs reste délicate. Comme nous l’indiquions lors de nos deux précédents points hebdomadaires, la ruée sur le dépistage a brouillé l’analyse.

La semaine avant Noël, près de 600 000 tests ont été effectués en Auvergne-Rhône-Alpes. Ce qui a eu pour effet de faire mécaniquement augmenter le taux d’incidence (nombre de cas positifs pour 100 000 habitants) et faire baisser le taux de positivité (proportion de cas positifs dans l’ensemble du dépistage). Deux indicateurs permettant de mesurer la dynamique de l’épidémie.

Depuis, le dépistage dans la région est revenu à un niveau proche de celui constaté avant le pic des jours précédents Noël.

Assez logiquement, le taux d’incidence est en baisse et le taux de positivité est lui remonté. Cela veut-il dire alors que la situation s’est améliorée et que les fêtes (au moins celle de Noël) n’auraient pas eu d’effet négatif ? Pas nécessairement quand on regarde plus en détail.

« Rattrapage » du taux d’incidence plutôt qu’une baisse

Avant les fêtes, il était difficile de conclure à une recrudescence des cas. Après les fêtes, difficile aussi de conclure à une baisse d’intensité de l’épidémie. Cette baisse est en partie un rattrapage ou un rééquilibrage de la hausse « artificielle » du nombre de cas enregistrée durant la semaine du 18 au 25 décembre.

Il était toutefois plus évident que durant la première quinzaine de décembre l’épidémie de Covid-19 était en progression dans la région. Une reprise intervenue après la baisse du mois de novembre lors du reflux de la « deuxième vague ».

Au 29 décembre, le taux d’incidence hebdomadaire général dans la région indiquait 156 cas pour 100 000 habitants. Durant cette semaine du 22 au 29 décembre, le nombre de tests effectués est retombé à 196 000 dans la région. Un niveau de dépistage à peu près équivalent à celui de la semaine du 8 au 15 décembre (186 000 tests cette semaine là dans la région).

Cette même semaine, le taux d’incidence affichait 176 cas pour 100 000 habitants. À niveau de dépistage comparable et proche dans le temps, la situation semble donc sensiblement équivalente voire légèrement meilleure qu’avant les fêtes. Toutefois, la lecture quotidienne des chiffres pour ces derniers jours montre une augmentation des cas.

Covid-19 : un taux de positivité équivalent à celui d’avant les fêtes en Auvergne-Rhône-Alpes

L’autre indicateur de la dynamique de l’épidémie, le taux de positivité, est lui aussi sensible au niveau de dépistage très fluctuent de ces dernières semaines. Peu avant les fêtes, le dépistage massif a contribué à accélérer sa baisse. Il avait atteint 3 % sur une semaine, un niveau relativement bas, au 23 décembre.

Lui aussi semble connaître un effet de « rattrapage » avec le retour « à la normale » du dépistage. Le taux de positivité hebdomadaire au 30 décembre indiquait ainsi un peu plus de 6 % de tests positifs en Auvergne-Rhône-Alpes. Un niveau équivalent à celui constaté au 15 décembre sur une semaine, avant la forte augmentation du dépistage.

Un élément supplémentaire qui laisse penser que la dynamique de l’épidémie a continué de se maintenir à son niveau d’avant les fêtes.

Patients Covid-19 à l’hôpital : tension toujours forte en Auvergne-Rhône-Alpes

La région Auvergne-Rhône-Alpes a abordé les fêtes de fin d’année avec une situation toujours très tendue concernant la dynamique de l’épidémie et la pression hospitalière. Au 5 janvier, on n’observait pas d’amélioration forte.

A l’approche de Noël et dans les jours suivants, la tension hospitalière s’était légèrement réduite. La période des fêtes et des vacances scolaires s’est traduite par une évolution « en plateau ». Le nombre d’hospitalisations en simultané dans les hôpitaux de la région est resté stable depuis Noël (4153 patients Covid-19 hospitalisés le 25 décembre contre 4207 le 5 janvier). Surtout, ce nombre est en hausse quasi constante depuis le 1er janvier.

Le nombre de patients hospitalisés parmi les tranches d’âge à risque n’a pas évolué favorablement dans la région depuis Noël. Il est en hausse chez les 70-79 ans et est resté stable chez les 80-89 ans et plus de 90 ans.

La tension hospitalière sur les services de réanimation de la région s’est légèrement réduite entre le 27 et le 2 janvier. Ces tout derniers jours, elle est repartie à la hausse et affiche 69 % (ce chiffre représente la proportion de lits de réanimation occupés par des patients Covid-19 rapportés à la capacité initiale des services de réanimation – donc hors capacité supplémentaire déployée et ajustée au fil du temps).

L’Allier et la Haute-Savoie, départements où l’épidémie était la plus active ces derniers jours

La partie Rhône-Alpes de la grande région reste toujours plus touchée que l’ancienne Auvergne. L’Allier reste toutefois le département où l’épidémie circule le plus comme la semaine précédente.

Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 07/04/2021 à 15h58
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal
Bertrand Enjalbal
Journaliste à Rue89Lyon

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