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Covid-19 : en Auvergne-Rhône-Alpes, une situation toujours préoccupante avant les effets redoutés des fêtes
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Covid-19 : en Auvergne-Rhône-Alpes, une situation toujours préoccupante avant les effets redoutés des fêtes

par Bertrand Enjalbal.
Publié le 29 décembre 2020.
Imprimé le 21 avril 2021 à 20:01
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[En graphiques] L’évolution hebdomadaire des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes reste négative. Aucune amélioration n’a été constatée à l’approche des fêtes dans la région mais plutôt une légère dégradation. Certains indicateurs se maintiennent ainsi à des niveaux élevés avant les possibles effets redoutés des fêtes de fin d’année.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 29 décembre. Voir le détail en Auvergne-Rhône-Alpes département par département).

Ce point hebdomadaire risque de ressembler étrangement au précédent. L’évolution des indicateurs de suivi de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes n’est pas bonne.

Comme la semaine passée, ce n’est pas tant une forte dégradation que l’on constate mais le maintien d’une situation sanitaire fragile. Une situation de plateau – et de plateau haut- qui se confirme. La pression dans les hôpitaux et leurs services de réanimation a très peu évolué et la dynamique de l’épidémie semble être négative pour la troisième semaine consécutive.


Patients Covid-19 à l’hôpital : une stagnation depuis près de 15 jours

Comme la semaine dernière, les indicateurs hospitaliers n’indiquent pas d’amélioration en Auvergne-Rhône-Alpes. Les hospitalisations en simultané sont restées stables dans les hôpitaux de la région entre le 22 et le 28 décembre (4271 contre 4189). Même chose du côté des lits de réanimation occupés par des patients Covid-19 (450 au 22 décembre contre 430 au 28 décembre). Depuis mi-décembre, ces deux indicateurs ont globalement stagné.

Comme nous l’évoquions la semaine dernière, les indicateurs hospitaliers semblent confirmer la dynamique de l’épidémie constatée à la fin du mois de novembre et début décembre dans la région. Elle était alors repartie à la hausse dans la région peu de temps avant la fin officielle du deuxième confinement. Ce redémarrage il y a quelques jours se traduit donc par le maintien d’une tension encore importante aujourd’hui dans les hôpitaux de la région pendant cette période des fêtes. Et avant même de constater les possibles effets négatifs des réunions familiales et amicales de fin d’année.

La tension hospitalière sur les services de réanimation de la région est donc restée stable depuis une semaine. À un niveau toujours élevé : 80% au 22 décembre contre 77%  au 28 décembre (ce chiffre représente la proportion de lits de réanimation occupés par des patients Covid-19 rapportés à la capacité initiale des services de réanimation – donc hors capacité supplémentaire déployée et ajustée au fil du temps).

Un dépistage qui explose et qui fausse tout ?

Pour la troisième semaine consécutive le taux d’incidence dans la région Auvergne-Rhône-Alpes est en hausse. Et même en très forte hausse : +36 % sur une semaine, du 15 au 22 décembre (les chiffres consolidées de l’indicateur s’arrêtant à l’heure où nous publions au 24 décembre, nous ne pouvons pas encore mesurer son niveau pour la semaine suivante).

Au 22 décembre, il s’établissait ainsi à 240 cas pour 100 000 habitants. Un niveau près de 5 fois supérieur au seuil d’alerte. Après des hausses plus modérées durant les deux premières semaines de décembre, la hausse est cette fois plus importante. D’un niveau équivalent à ceux constatés durant la phase ascendante de la « deuxième vague » courant novembre.

Mais comment interpréter cette hausse du taux d’incidence ?

Cet indicateur est un de ceux participant à l’évaluation de la dynamique de l’épidémie. A la lumière de ce dernier elle serait ainsi de nouveau galopante dans la région. Mais difficile de l’affirmer pour autant.

En effet, dans le même temps le dépistage a littéralement explosé à l’approche des fêtes. Déjà en hausse les semaines précédentes, il a été approximativement multiplié par 3 en une semaine en Auvergne-Rhône-Alpes. Entre le 15 et le 22 décembre, le nombre de tests hebdomadaires réalisés (PCR et antigéniques) est passé de 186 000 à un peu plus de 560 000 dans la région. Un chiffre qui confirme la volonté de beaucoup d’entre nous de se faire tester avant les départ en vacances et fêtes de fin d’année.

Difficile alors de conclure avec certitude à un emballement de l’épidémie durant la semaine précédant Noël. Un dépistage massif entraînant mécaniquement la découverte de plus de cas.


Un taux de positivité toujours en baisse mais lui aussi « faussé » ?

Par ailleurs, malgré une hausse du taux d’incidence de l’épidémie dans la région, le taux de positivité hebdomadaire poursuit sa baisse (il représente la part de tests positifs parmi l’ensemble des tests effectués). Et ce pour la quatrième semaine consécutive. Au 22 décembre, il s’établissait à 3,1% sur une semaine et repassait ainsi « dans le vert », une première depuis la dernière semaine du mois d’août.

L’évolution de cet indicateur tempère donc celle du taux d’incidence. Dit autrement, le nombre de cas est en hausse mais dans le même temps on a beaucoup plus testé et parmi ces tests une part moins importante est revenue positive.

Toutefois, difficile de s’appuyer uniquement sur ce seul taux de positivité au regard encore une fois du dépistage massif. Une telle augmentation laisse penser que de nombreuses personnes moins à risques, sans prescriptions ni symptômes particuliers, sont allées se faire dépister par précaution à l’approche des fêtes. Testées négatives, elles ont donc pu participer à augmenter de façon très importante le volume de dépistage et dans le même temps permettre une baisse du taux de positivité (réduit de moitié entre le 15 et le 22 décembre).

Face à une telle hausse du dépistage, difficile donc d’évaluer au mieux l’évolution hebdomadaire de l’épidémie dans la région. Les indicateurs semblent malgré tout faire observer, comme la semaine passée, qu’elle ne faiblit pas à défaut de connaître une dynamique plus rapide.

Elle participe surtout à maintenir un niveau de tension toujours élevé sur les services hospitaliers, baromètre des mesures sanitaires actuelles. Si le dépistage massif brouille quelque peu la lecture, il semble toutefois assez clair que la région (comme d’autres) ont abordé les fêtes de fin d’année avec certains indicateurs à des niveaux encore très élevés.

Ainsi, le niveau de tension sur les services de réanimation était au 28 décembre équivalent à celui constaté quatre jours avant la mise en place du second confinement le 31 octobre dernier. Même chose ou presque pour le taux d’incidence régional ou pour le nombre d’hospitalisations en simultané.

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L’Isère et l’Allier, départements où l’épidémie était la plus active ces derniers jours

Depuis trois semaines semaines, Auvergne-Rhône-Alpes n’est plus la région où l’épidémie circule le plus en France. L’évolution de la dynamique de l’épidémie s’est dégradée dans l’Allier et en Ardèche. L’Isère reste le département où elle circule le plus.

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Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 07/01/2021 à 18h41
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal
Bertrand Enjalbal
Journaliste à Rue89Lyon

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