Covid-19 :  aggravation en Rhône-Alpes, légère amélioration en Auvergne
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Covid-19 : aggravation en Rhône-Alpes, légère amélioration en Auvergne

[DATA] L’épidémie de Covid-19 continue de progresser en Auvergne-Rhône-Alpes. Malgré une baisse du dépistage sur une semaine, le taux d’incidence continue d’augmenter dans la région ainsi que le taux de positivité. Il est dans le rouge en Isère et dans le Rhône. Toutefois, la situation semble légèrement s’améliorer dans la partie Auvergne, contrairement à Rhône-Alpes.

Visualisez l’évolution des indicateurs dans tous les départements de la région.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 30 septembre)

La situation continue de se dégrader à Lyon et, globalement, dans la région. Ce jeudi 1er octobre, Olivier Véran, ministre de la santé a parlé « d’évolution préoccupante » dans la métropole de Lyon mais aussi dans celles de Grenoble et Saint-Etienne pour la région Auvergne-Rhônes-Alpes. Si la situation venait à se dégrader encore dans les jours à venir, ces zones pourraient être concernées par des restrictions plus importantes encore.

La dynamique de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes toujours aussi forte

Les mesures en vigueur prises par le gouvernement, annoncées deux jours après celles du préfet de région, n’ont donc pour l’heure pas encore montré leur effet. Au 20 septembre dernier on constatait une progression de 30% du taux d’incidence (nombre de cas positifs pour 100 000 habitants) sur une semaine. Au 22 septembre, il progresse de 18% par rapport au 15 septembre, date de notre dernier pointage. A cette date, sur une semaine, il s’élevait à 120 cas dans la région Auvergne-Rhône-Alpes. Contre 101 une semaine plus tôt.

A l’exception des plus jeunes (0-9 ans) et des plus âgés (90 ans et plus), la dynamique de l’épidémie est en progression dans toutes les tranches d’âges de la population régionale. Y compris donc chez le public le plus fragile au-delà de 60 ans. Le taux d’incidence régional progresse fortement sur une semaine parmi la population de 30 à 60 ans. Il frise les 300 cas chez les 20-29 ans.

Des tests de dépistage en baisse pour la première fois depuis août en Auvergne-Rhône-Alpes

Le dépistage a ralenti sur une semaine en Auvergne-Rhône-Alpes. Une telle décrue n’était plus intervenue depuis le début du mois d’août 2020. Entre le 15 et le 22 septembre, cela représente 5000 tests de moins que la semaine précédente.

Les plus jeunes, 0-9 ans, ont été beaucoup moins testés. Le dépistage avait, il est vrai, beaucoup progressé pour cette tranche d’âge la semaine précédente. Il revient ainsi à un volume hebdomadaire proche de celui constaté depuis début septembre. On constate également une baisse du nombre de tests, légère, chez les 20-40 ans et les plus de 90 ans. Pas de quoi, pour l’heure, faire baisser le taux d’incidence pour autant dans ces tranches d’âge (hormis chez les plus de 90 ans).

La baisse du dépistage se constate dans la grande majorité des départements de la région. Il a continué de progresser toutefois, entre le 15 et le 22 septembre, en Isère, dans la Loire et la Haute-Loire. Partout ailleurs, les tests PCR ont été moins nombreux. Y compris dans le Rhône (- 2000 tests environ sur une semaine), malgré la progression de l’épidémie.

Une situation qui peut s’expliquer par le découragement de certains face à une tension dans les laboratoires et autres lieux de dépistage où les délais pour réaliser un test et obtenir ses résultats ont parfois explosé. Ou par un ralentissement « naturel » après une ruée sur les tests, engendrant cette tension.

Une situation qui continue de se tendre dans les hôpitaux de Lyon et sa région

Selon les données de Santé Publique France, durant la dernière semaine glissante du 24 au 30 septembre, 235 nouvelles hospitalisations pour des suspicions de Covid-19 ont été recensées en Auvergne-Rhône-Alpes. La semaine précédente elles étaient 208 (+13% sur une semaine).

Dans le dernier point de situation, les Hospices Civils de Lyon (HCL), indiquent qu’au 29 septembre 141 personnes sont hospitalisées pour dans ses hôpitaux (122 en hospitalisation conventionnelle et 19 en réadaptation). A cette date, 40 personnes étaient en réanimation. Sur un total de 139 lits, cela donne un taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19 de 29% au sein des HCL. Il y a une semaine, lors du déclenchement du « Plan blanc » dans les hôpitaux des HCL, le taux était de 25%.

Sur l’ensemble de la région lyonnaise, en ajoutant donc les hôpitaux du Rhône, de Vienne et Bourgoin en Isère, au 29 septembre, 297 patients Covid-19 étaient hospitalisés et 70 en réanimation.

Les indicateurs de l’évolution de la Covid-19 dans les départements d’Auvergne-Rhône-Alpes

Les indicateurs de la Covid-19 dans l’Ain

Dans les hôpitaux de l’Ain, la situation s’est dégradée depuis une semaine. Le nombre de personnes en réanimation au 30 septembre a doublé sur une semaine (5 patients Covid-19 contre 2 le 23 septembre). A cette date, 40 personnes étaient hospitalisées contre 32 une semaine plus tôt. Elles étaient même 45 le 28 septembre. Un chiffre que le département n’avait pas connu depuis la mi-juillet.

Surtout, la dynamique de l’épidémie ne semble pas se démentir dans l’Ain. Entre le 15 et le 22 septembre, le taux d’incidence a progressé. Moins vite que la semaine précédente toutefois. Peut-être une des conséquences de la baisse du dépistage sur la même période.

Malgré tout, le taux de positivité (pourcentage de tests positifs) continue de progresser. Il a augmenté de près de 1,5 point sur la période. Il a progressé dans les tranches d’âges de 60 à 80 ans mais aussi parmi les 20 à 50 ans. Alors même que le dépistage a lui diminué dans ces catégories d’âges par rapport à la semaine dernière.

Les indicateurs de la Covid-19 dans l’Allier

Les hôpitaux de l’Allier se trouvaient au 30 septembre dans une situation proche de celle du début du déconfinement.

A cette date, 25 personnes étaient hospitalisées en simultané pour des cas de Covid-19, une se trouvait en réanimation. Il faut remonter au 12 mai dernier pour trouver autant de personnes hospitalisées en même temps pour des cas de Covid-19. Toutefois, la dégradation des indicateurs hospitaliers est moins forte que celle constatée la semaine passée.

Malgré tout, les autres indicateurs de l’épidémie n’évoluent pas favorablement non plus. Le taux d’incidence global est reparti à la hausse. Le taux de positivité hebdomadaire, 2,74% au 22 septembre, s’il est encore dans le « vert », est le plus fort taux constaté dans l’Allier depuis le début des mesures (au lendemain du déconfinement à la mi-mai).

Les indicateurs de la Covid-19 en Ardèche

L’Ardèche est un des rares départements d’Auvergne-Rhône-Alpes où la situation dans les hôpitaux s’est plutôt améliorée. Au 30 septembre, 7 personnes étaient hospitalisées pour des cas de Covid-19. Soit deux fois moins qu’une semaine auparavant. Aucun décès n’a été enregistré et le nombre de patients en réanimation en simultané est resté stable.

Comme ailleurs, l’épidémie circule toujours plutôt activement dans le département. Malgré cette amélioration (passagère ?) dans les hôpitaux, le taux d’incidence a progressé entre le 15 et le 22 septembre. Il est toutefois en baisse assez nette dans toutes les tranches d’âge des personnes à risque (au-delà de 60 ans). Le taux de positivité des tests, 3,5% environ au 22 septembre sur une semaine, est le plus haut constaté depuis mi-juin dans le département, malgré un nombre de tests en baisse.

Les indicateurs de la Covid-19 dans le Cantal

Comme dans l’Allier, l’aggravation de la situation hospitalière s’est poursuivie, de façon moins rapide que la semaine précédente. Au 30 septembre, il y avait un nombre de patients Covid-19 hospitalisés dans le Cantal proche de celui du 23 septembre (13 contre 11). Mais durant la semaine, il est monté à 15 hospitalisations en simultané. Un niveau plus atteint depuis la fin mai 2020.

Le taux d’incidence a fortement augmenté dans le Cantal chez les 50-59 ans et les 70-79 ans. Ainsi que le taux de positivité de ces tranches d’âges qui n’ont pas été davantage testées par rapport à la semaine précédente. S’il n’est pas encore au niveau du seuil d’alerte, le taux d’incidence s’en rapproche dans le Cantal.

Les chiffres dans le département de la Drôme

Dans la Drôme, le taux d’incidence général du département a pour la première dépassé le seuil d’alerte au 22 septembre. Il s’élevait à 53 cas positifs pour 100 000 habitants. Dans le même temps, le taux de positivité sortait de la « zone verte » en atteignant les 5%.

Les semaines précédentes, la situation dans les hôpitaux évoluait plutôt lentement dans la Drôme. Entre le 23 et le 30 septembre, l’aggravation s’est quelque peu accélérée. Il y avait 26 patients Covid-19 hospitalisés en simultané au 30 septembre, contre 19 au 23 septembre. Et une personne en réanimation supplémentaire.

Sur une semaine, le taux d’incidence a très fortement augmenté dans toutes les catégories d’âges des plus fragiles, au-delà de 60 ans. Une situation qui pourrait se traduire par une hausse des indicateurs hospitaliers dans les semaines à venir.

Les chiffres dans le département de l’Isère

Après la très forte dégradation des indicateurs hospitaliers en Isère la semaine précédente, la situation s’est plutôt stabilisée entre le 15 et le 22 septembre en Isère. Le nombre de patients Covid-19 hospitalisés en simultané est resté relativement stable. Tout comme celui des patients en réanimation.

Cela ne pourrait être qu’une petite accalmie avant une nouvelle dégradation. Par ailleurs, le taux d’incidence en Isère, entre le 15 et le 22 septembre, a fortement progressé. Passant de 105 à 145 cas pour 100000 habitants et progressant dans toutes les tranches d’âges de la population (hormis les plus jeunes entre 0 et 9 ans).

Le taux de positivité a lui augmenté de 3 points sur la même période, passant dans le rouge.

Les chiffres dans le département de la Loire

Dans les hôpitaux de la Loire, la situation a continué de se dégrader. Les hospitalisations ont fortement augmenté, passant de 120 à plus de 140 en simultané en 4 jours entre le 23 et le 27 septembre. Avant de diminuer quelque peu jusqu’au 30 septembre. Le nombre de patients en réanimation a aussi progressé sur la même période.

L’agglomération de Saint-Étienne, comme celles de Lyon ou Grenoble, fait partie de celles où de prochaines mesures sanitaires plus restrictives pourraient voir le jour. Dans le département, la dynamique de l’épidémie de Covid-19 ne s’essouffle pas. Le taux de positivité a doublé sur le mois de septembre. Quant au taux d’incidence il a presque quadruplé. Même si le dépistage est toujours en hausse dans le département (+52% entre le 1er le 22 septembre), il n’a pas suivi les mêmes taux d’évolution que ces indicateurs.

Les chiffres dans le département de la Haute-Loire

Après la forte dégradation constatée la semaine précédente, la situation s’est stabilisée en Haute-Loire  ces derniers jours.

Le nombre de personnes hospitalisées en simultané était légèrement supérieur au 30 septembre par rapport au 23 septembre. Mais il avait connu une décrue entre temps. A cette date, il n’y avait plus de patients Covid-19 en réanimation.

La Haute-Loire est également un des rares départements a connaître une légère amélioration concernant la dynamique de l’épidémie. Le taux d’incidence est resté stable entre le 15 et le 22 septembre tout comme le taux de positivité. Alors que dans le même temps le dépistage a continué de croître légèrement dans le département.

Les chiffres dans le département du Puy-de-Dôme

Confirmant une tendance plus positive dans l’évolution de l’épidémie de Covid-19 dans la partie Auvergne, le Puy-de-Dôme a connu ces derniers jours une légère accalmie. Le nombre d’hospitalisations en simultané a décru entre le 23 et le 30 septembre. Toutefois, après une baisse, il y avait au 30 septembre davantage de patients Covid-19 en réanimation.

Autres signes positifs, la dynamique de l’épidémie se tasse légèrement. Entre le 8 et le 22 septembre, le taux de positivité est resté relativement stable. Après une très forte hausse, le taux d’incidence a finalement connu une baisse sensible entre le 15 et le 22 septembre. Une baisse qui se constate chez les plus âgés, au-delà de 70 ans et chez les quinquagénaires.

Les indicateurs de la Covid-19 dans le Rhône

Les indicateurs hospitaliers dans le Rhône continuent de montrer une aggravation de la situation sanitaire. La progression est toutefois moins forte que ces dernières semaines.

Sur une semaine, entre le 23 et le 30 septembre, le nombre d’hospitalisations en simultané est resté relativement stable. Toutefois, celui des réanimations a continué de progresser. Environ 30% des lits de réanimation des HCL à Lyon étaient occupés par des patients Covid-19 au 29 septembre.

Les perspectives ne sont pas positives. Le taux de positivité, après une légère stagnation, est reparti à la hausse alors même que le dépistage a connu un léger coup de frein. Il était au 22 septembre à un peu plus de 11%, passant ainsi dans le rouge.

Le taux d’incidence dans le Rhône, entre le 15 et le 22 septembre, a continué de progresser. Il s’établissait sur une semaine à 225 cas environ. Il frise les 500 cas pour 100 000 habitants chez les 20-29 ans et continue de fortement augmenter chez les 30-50. A part chez les enfants en bas âge, la dynamique de l’épidémie s’est constatée sur une semaine dans toutes les tranches d’âges dans la population du Rhône.

Les chiffres dans le département de la Savoie

La situation en Savoie ne s’est pas améliorée. Un temps mieux loti que le reste de la région, le département voit l’évolution des indicateurs de l’épidémie se dégrader. Dans les hôpitaux, le nombre de patients Covid-19 hospitalisés en simultané a progressé sur la dernière semaine. Les admissions en réanimation également. Quatre personnes sont décédées à l’hôpital, une première depuis la mi-aôut.

Le taux d’incidence a progressé en Savoie entre le 15 et le 22 septembre. Spécialement chez les plus jeunes. Mais également dans certaines tranches d’âges les plus avancées (60-69 ans notamment). Le taux de positivité est sorti de la zone verte, dépassant pour la première fois les 5% sur une semaine au 22 septembre. Des signes qui montrent que la dynamique de l’épidémie dans le département reste toujours active.

Les chiffres dans le département de la Haute-Savoie

La hausse du taux d’incidence constatée depuis début septembre semble s’être traduite dans les hôpitaux de Haute-Savoie. Entre le 23 et le 30 septembre, le nombre d’hospitalisations en simultané de patients Covid-19 a quasiment doublé. Une situation qui ne s’est pour le moment pas répercutée du côté des réanimations.

Après une légère baisse, le taux de positivité est reparti à la hausse, frisant les 5%. Le taux d’incidence a continué de progresser entre le 15 et le 22 septembre, de façon moins prononcée que la semaine précédente. Il progresse toutefois parmi les publics fragiles et personnes âgées. Et la Haute-Savoie se rapprochait au 22 septembre du seuil d’alerte. Pour l’heure, la Haute-Savoie n’est pas encore classée « en rouge » mais l’évolution de l’épidémie pourrait progressivement l’y conduire.

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations parfois importantes des indicateurs quotidiens. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux. Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques. Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait ceci explique pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Par exemple, pour ce point hebdomadaire arrêté au 23 septembre, les dernières données disponibles concernant le taux d’incidence départemental sont en date du 20 septembre. Nous ne pouvons ainsi pas boucler le relevé de la semaine du 16 au 23 septembre. Nos tableaux s’arrêtent donc pour ce point au 15 septembre.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal
Bertrand Enjalbal
Journaliste à Rue89Lyon

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