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Covid-19 : une situation flottante en Auvergne-Rhône-Alpes avant les fêtes
santé  Société 

Covid-19 : une situation flottante en Auvergne-Rhône-Alpes avant les fêtes

par Bertrand Enjalbal et Colin Revault.
Publié le 23 décembre 2020.
Imprimé le 17 octobre 2021 à 21:27
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[En graphiques] Les indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes restent dans l’ensemble à des niveaux élevés. La pression dans les hôpitaux est encore forte et le taux d’incidence du virus continue d’augmenter. Toutefois, malgré un dépistage en forte hausse le taux de positivé continue de baisser, laissant espérer que l’épidémie progresse peu ou pas à défaut de repartir à la baisse.

(Rue89Lyon propose un point hebdomadaire, celui que vous lirez ci-après a été effectué en date du 22 décembre. Voir le détail en Auvergne-Rhône-Alpes département par département).

A l’approche des fêtes de fin d’année, l’évolution de l’épidémie n’est pas bonne. Bien avant la fin officielle du confinement de l’automne, certains indicateurs étaient repartis à la hausse après une baisse enclenchée début novembre dans la région. De fait, difficile d’espérer et d’observer une amélioration à l’approche des fêtes. Par ailleurs, la période actuelle entraîne une hausse massive du dépistage qui peut légèrement brouiller la lecture de la dynamique de l’épidémie.


Patients Covid-19 à l’hôpital : pas de franche amélioration en Auvergne-Rhône-Alpes

Les indicateurs hospitaliers n’indiquent pas pour le moment de nette baisse de pression. Entre le 16 et le 22 décembre, le nombre de patients hospitalisés pour des cas de Covid-19 dans la région est resté relativement stable, autour de 4300. Ces tous derniers jours, du 19 au 21 décembre, la tension hospitalière sur les capacités en réanimation est même repartie à la hausse. Elle reste à ce jour toujours forte et « dans le rouge » dans la région.

Fin novembre, nous relevions dans nos précédents points hebdomadaires un ralentissement net du taux d’incidence (nombre de nouveaux cas) dans la région. Ce ralentissement s’est poursuivi par un retour à la hausse de l’indicateur dans la région début décembre. En prenant en compte le temps de décalage dû à l’incubation et l’apparition des symptômes de la maladie, ce léger rebond à l’hôpital semble donc assez logique. Environ trois semaines après cette reprise de la dynamique de l’épidémie, elle semble se manifester dans les indicateurs hospitaliers.

Taux d’incidence de l’épidémie en hausse dans presque toute la région Auvergne-Rhône-Alpes

Deuxième semaine de hausse du taux d’incidence de l’épidémie en Auvergne-Rhône-Alpes. Entre le 8 et le 15 décembre, l’indicateur a progressé de 10%. Il représente le nombre de nouveaux cas pour 100 000 habitants, permettant ainsi de ramener le nombre de cas proportionnellement à la population. Il participe donc à l’évaluation de la dynamique de l’épidémie sur un territoire.

Malgré cette hausse globale, un point positif : l’indicateur continue de baisser dans les tranches d’âges les plus âgées et les plus à risque (au-delà de 80 ans). Il reste toutefois largement supérieur au seuil d’alerte (fixé à 50 cas pour 100 000 habitants) pour ces deux tranches d’âge (+ de 80 ans et + de 90 ans). Parmi les 60-70 ans et 70-80 ans, il reste relativement stable avec une légère tendance haussière. Mais il se situe là-aussi à des niveaux élevés, supérieurs au seuil d’alerte. Cette évolution à l’approche des fêtes et des repas de famille n’est donc pas positive.


Plus de nouveaux cas mais un dépistage en hausse massive

Ces dernières semaines, le retour à la hausse du taux d’incidence apparaissait clairement problématique. Pendant qu’il augmentait, le dépistage lui continuait de baisser fortement. En clair, on dépistait moins mais on trouvait plus de cas dans la région.

Ces derniers jours, à l’approche des fêtes, le dépistage est reparti à la hausse. De façon massive. Entre le 1er le 15 décembre, le dépistage hebdomadaire dans la région a augmenté de 163%. Et ces tous derniers jours avant Noël ne devraient pas infléchir cette tendance, bien au contraire.

Malgré cette tr!s forte hausse du dépistage (provoquée également par l’ajout dans les statistique des tests antigéniques en plus de ceux PCR, ndlr), le taux d’incidence n’augmente pas aussi fortement. Toutefois, l’évolution du R0, le facteur de reproduction du virus (le nombre moyen qu’une personne infectée peut contaminer) est reparti à la hausse en Auvergne-Rhône-Alpes. Repassé dans le vert fin novembre, il se situait au 15 décembre à 0,96.

Covid-19 : le taux de positivité diminue malgré la hausse statistique du dépistage en Auvergne-Rhône-Alpes

Comme la semaine précédente, lors de notre dernier point hebdomadaire, l’évolution du taux de positivité reste elle positive. C’est un autre point positif dans l’évaluation de la dynamique de l’épidémie.

Au 16 décembre, le taux de positivité dans la région s’élevait à près de 7%, pas loin de repasser « dans le vert ». C’est la troisième semaine de baisse consécutive constatée.

En un mois cet indicateur, qui représente la part des tests positifs dans l’ensemble du dépistage, a été divisé par trois dans la région. Surtout, malgré les fortes hausses du dépistage constatées à l’échelle régionale ces deux dernières semaines (voir plus haut), il a poursuivi sa baisse.

Cette évolution semble donc positive. Elle tendrait à montrer que l’épidémie, à défaut de reculer très nettement, continue de circuler sans nouvelle aggravation à l’approche des fêtes. Toutefois, les niveaux actuels des indicateurs soulignés ici restent élevés dans la région. Et la période qui s’ouvre est à risque.

La période des fêtes coïncide avec les vacances scolaires pour les élèves ainsi que pour certains parents. Elle permet donc d’espérer un circulation plus faible du virus chez les plus jeunes. Mais aussi parmi certains adultes qui verront leurs déplacements et leurs contacts professionnels diminuer. Toutefois, cette période est aussi celle des repas de famille qui pourraient favoriser une plus forte transmission du virus.

La lecture des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 dans la région est donc relativement contrastée. L’absence de forte aggravation ne doit pas faire oublier le niveau très élevé de certains indicateurs. Par ailleurs, la période qui s’ouvre est, comme ailleurs, celle d’un risque d’un net rebond de l’épidémie et de ses conséquences sur la pression hospitalière courant janvier 2021.

L’Isère, département où l’épidémie était la plus active ces derniers jours

Depuis deux semaines, Auvergne-Rhône-Alpes n’est plus la région où l’épidémie circule le plus en France.

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Vous pouvez également visualiser l’évolution du taux d’incidence par communes sur cette carte (zoomer ou rechercher la commune par son nom) :

Les chiffres des indicateurs de l’épidémie de Covid-19 en Auvergne-Rhône-Alpes

Les données utilisées

Les données hospitalières de l’épidémie de Covid-19

Elles proviennent des chiffres de Santé Publique France. Il s’agit de données journalières pour le nombre d’hospitalisations, de personnes en réanimation et de personnes décédées. Pour le taux d’incidence, il s’agit de données établies de façon hebdomadaire.

Précisions :

Pour le nombre de patients hospitalisés ou en réanimation ou en soins intensifs, il s’agit de données journalières non cumulées et provenant des hôpitaux (hors Ehpad donc). Les chiffres représentent donc le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimations à ce jour.

Pour le nombre de personnes décédées à l’hôpital, les chiffres présentés sont un cumul depuis le début de la publication des données, à savoir le 18 mars. Voilà pourquoi les courbes des décès sont différentes des autres. Elles se stabilisent mais ne diminuent donc pas.

Limites des données hospitalières de Santé Publique France :

  • Le système de déclaration des cas n’est pas exhaustif et le nombre d’établissements déclarant varie au cours du temps ;
  • Certains patients, présents dans la base de données hospitalières à un moment donné, sont retirés de la base de données par les établissements de santé lorsque le résultat biologique du patient est négatif par rapport au COVID-19.

Le taux d’incidence de l’épidémie de Covid-19

Le taux d’incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante : (100000 * nombre de cas positif) / Population.

Il est permis grâce au Système d’Informations de DEPistage (SI-DEP). Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précision :

  • Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Concernant le taux d’incidence, nous travaillons ici avec des données hebdomadaires. Ceci pour éviter les fluctuations quotidiennes parfois importantes. Cette échelle de temps permet de visualiser une évolution plus significative à nos yeux.

Les données de Santé Publique France concernant cet indicateur sont disponibles à partir du 13 mai 2020. Ceci explique que nos tableaux commencent au 19 mai, terme de la première semaine de 7 jours de statistiques.

Comme indiqué ci-dessus, le temps de remontée de ces données est plus long. De fait, ceci explique que pour notre point hebdomadaire nous n’ayons pas à disposition les données des tous derniers jours nous permettant d’effectuer un calcul du taux d’incidence hebdomadaire à date de la publication. Nous attendons que les données nous permettent de calculer cet indicateur de 7 jours en 7 jours à compter du 13 mai.

Le nombre de tests de dépistage Covid-19

Quels tests ?

Il s’agit de ceux enregistrés dans le système SI-DEP. Le nouveau système d’information de dépistage (SI-DEP), en déploiement depuis le 13 mai 2020, est une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires des tests (RT-PCR) réalisés par l’ensemble des laboratoires de ville et établissements hospitaliers concernant le SARS-COV2.

Précisions : Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:

  • Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
  • Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
    Exclusion des résultats ininterprétables
  • A compter du 29/08, les indicateurs issus des données de laboratoires (SI-DEP) présentent des taux d’incidence, de positivité et de dépistage corrigés en fonction des dépistages réalisés dans les aéroports à l’arrivée des vols internationaux.

La correction s’applique sur l’ensemble des données postérieures à la date du 12 août.

Limites :

  • Seuls les tests biologiques des personnes pour lesquelles le département de résidence a pu être localisé sont représentés sur les cartes. Les personnes dont le département n’a pas pu être remonté dans les données SIDEP ne sont comptabilisées qu’au niveau France entière. De ce fait la somme des tests indiqués dans les départements ou régions est inférieure au nombre de tests indiqué en France.
  • Le délai de remontée des tests peut excéder 9 jours dans certains cas. Les indicateurs sont ajustés quotidiennement selon la réception des résultats.

Mise à jour méthodologique de Santé Publique France :

« Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).

Par ailleurs, avec la prolongation de l’épidémie dans le temps et l’augmentation des capacités de dépistage, un nombre croissant de personnes peuvent faire plusieurs fois des tests qui s’avèrent négatifs sans que ceux-ci ne soient comptabilisés. SPF a donc ajusté sa méthode de comptabilisation de ces patients afin que les indicateurs reflètent au mieux, notamment, la proportion de personnes infectées dans la population testée. »

Article actualisé le 04/01/2021 à 16h04
L'AUTEUR
Bertrand Enjalbal et Colin Revault

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